HTMLとCSSは理解できても、jQuery（Java Script）がとても難しく感じるのですが、苦手意識があるのは私だけでしょうか？

jQuery（Java Script）は、
HTMLとCSSと比べてプログラミング要素が強いので、
苦手という人は結構います。

実務ではHTMLとCSSでコーディングまで自分で担当して、
jQuery（Java Script）は外注して仕上げるという事も可能ですが、
簡単なサンプルコードのカスタマイズで仕上げる案件の場合は、
そこまで難しくないので基本は押さえておくといいでしょう。